短肽固相合成法是短肽合成化學的一個重大的突破。它的最大特點是不必純化中間產物，合成過程可以連續進行，進而為短肽合成的自動化奠定了基礎。目前短肽的全自動合成，基本上都是固相合成。其基本過程為： 以Fmoc化學合成為基礎，先將所要合成的目標短肽之C端氨基酸的羧基以共價鍵形式與一個不溶性的高分子樹脂相連，然後以這一氨基酸的氨基作為短肽合成的起點，與其他的氨基酸已活化的羧基作用形成肽鍵，不斷重複此一過程，即可得到短肽。根據短肽的氨基酸組成不同，短肽後處理方式也不同，純化方式也有差異。